乙肝病毒治疗的最佳时期，是出现乙肝病毒的再激活。治疗的最佳时期看临床的患者检查。如果乙肝病毒感染者在定期的体检当中，发现出现转氨酶的升高，意味着乙肝的免疫耐受状态平衡被打破，这时是治疗乙肝的最佳的时期。
治疗乙肝当中，首先取决于选择的药物，目前的根愈性的乙肝药物，正在研制阶段。现在的所有的药物主要就是抑制乙肝病毒的复制，达到肝脏功能的复偿，延缓疾病的进展，从而提高患者的生命质量，是治疗的核心宗旨。选择药物来讲，常见有两大类，一大类是干扰素类，第二大类是核苷酸类似物药。具体选择什么的药物是取决于病人的基本的状态，是年龄、病变的程度以及基础的基本状态。从卫生经济学角度判断，这方面选择药的原则，选择强效的、低耐药的、副反应小的药物进行长期的治疗。
所以来讲乙肝病毒的治疗的最佳时期，是在出现乙肝病毒再激活，人体的肝脏功能处于异常状态当中，可以进行治疗的最佳的时期。
