牙周脓肿不治疗不会自愈，部分牙周炎的患者有深的牙周袋，在牙周袋由于细菌毒素增加、菌斑增加以及牙槽骨吸收，形成较好的炎症环境。可能会造成牙周脓肿，出现肿胀、疼痛等。
发生牙周炎、牙周脓肿后，应进行系统的牙周治疗，比如应急时可以进行脓肿切开，进行牙周袋上药。在急性炎症控制以后，可以进行牙周洁治，比如说洗牙、牙根根面刮治和平整，在此期间可以配合口腔应用漱口水，全身口服消炎药。经过系统的治疗以后，通常牙周脓肿能够得到有效的治疗。
如果不进行治疗，牙周脓肿有可能会反复变成急性，发生急性的发作，此时会较为痛苦，牙周脓肿不会自愈。所以有牙周脓肿后不可抱有侥幸心理，需及时就医，进行系统的牙周治疗，才可得到有效控制。
