女性患者在怀孕期间发现附件囊肿，根据病情不同，可选择不治疗或进行手术治疗，具体如下：

1、囊肿自行消退：多数妊娠期的附件囊肿，通常是直径＜5cm的良性囊肿，属于功能性囊肿，包括卵泡或者黄体的囊肿，是卵巢正常维持妊娠生理功能组成的部分。到怀孕中期由于胎盘和胎盘分泌激素，黄体囊肿可自行消失；

2、手术切除：当患者囊肿直径增大＞10cm，或通过经腹或者经阴道的B超，发现实性或者囊实性成分，并且伴有乳头状凸起，高度怀疑囊肿存在恶变可能时，需进行手术治疗。