扁桃体发炎主要选择青霉素类或头孢类抗生素治疗，原因在于此疾病主要是由革兰氏阳性球菌感染引起，尤其是急性化脓性扁桃体炎是由乙型溶血性链球菌引起，选用青霉素或头孢属于对症治疗。如果患者对青霉素或头孢过敏，可以用红霉素类药物，比如阿奇霉素等。
如果患者咽喉部肿痛较为严重，可以短期内用激素类药物进行治疗，如先给患者进行激素的雾化吸入治疗，比如地塞米松或者普米克令舒等药物，将激素直接作用于咽喉部、扁桃体部，缓解咽喉部肿痛。
如果雾化吸入效果不佳，需在短期内进行输液治疗，可直接作用于血液，药效较快。此外建议患者保持口腔卫生，多吃新鲜的蔬菜、水果以及多漱口，将口腔内食物残渣、细菌、病毒及早清除，以缓解咽喉肿痛、扁桃体发炎等症状。
