幽门螺杆菌的三联治疗，主要包括质子泵抑制剂和抗生素两大类药物。质子泵抑制剂包括奥美拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑这类。而抗生素包括克拉霉素、左氧氟沙星、甲硝唑、呋喃唑酮。在进行三联治疗时，会从抗生素里面选择两种药物进行治疗，临床上应用较多的是阿莫西林和克拉霉素一种组合。对于阿莫西林过敏的患者，可以使用克拉霉素加左氧氟沙星的组合，两种抗生素加上质子泵抑制剂，就是三联用药，治疗疗程为2周。

但是目前因为人群的抗生素的耐药率较高，所以各个医院现在更认可幽门螺杆菌的四联治疗。在现有的三联治疗的基础上加用铋剂，临床上应用较多的有胶体果胶铋，或者是复方制剂的铋剂，加入铋剂以后，能够明显提高幽门螺杆菌根治率。另外患者治疗幽门螺杆菌时候，还是尽量1次治好，反复治疗会增加患者对幽门螺杆菌的耐药，降低根除率。所以目前为了满足患者希望根治的要求，大部分的医疗机构给患者的都是四联治疗方案。