自闭症发病因素之一是与怀孕有关，如在孕期前3个月，怀孕前3个月大脑发育最快，是神经细胞或大脑形成过程。所以在这3个月中间，母亲任何异常都可带来患儿神经系统损伤。所以怀孕的前3个月中间，如病毒感染，如进食某些特殊的东西，尤其是药物或者错误饮食，都可能影响到患儿神经发育、大脑发育。另外，在3个月以后，如来自于猫、狗病毒或寄生虫感染，因为这些宠物在家与孕妇在一起，会通过这些直接接触途径感染寄生虫。
这些寄生虫感染，在孕妇身上不会表现出症状，但会触动体内免疫反应，这些免疫反应可影响胎儿大脑发育。还有在怀孕期间，若在生产时，羊水早破、羊水污染，导致胎儿在宫内窘迫或缺氧状态，这都会影响个体神经细胞受损，可能会成为后天出生以后自闭症的重要因素。
