孩子发烧39℃，要积极给予降温治疗。另外要寻找引起发烧的原因，给予对因治疗，具体方法如下：

1、药物治疗：孩子发烧39℃，要给予降温治疗，可以口服退烧药物，如布洛芬、对乙酰氨基酚等。3个月以下不能用退烧药物，3个月以上可以使用退烧药口服，间隔4-6个小时可以口服一次。口服退烧药以后，孩子体温会有下降；

2、物理降温：孩子发烧39℃，除了口服退烧药以外，要给予物理降温，可以给宝宝贴冰贴、洗温水澡，或者是温水擦浴，来帮助保降低体温。另外要注意补充水分，口服退烧药以后出汗比较多，防止出现脱水的情况；

3、外界因素：环境温度过高，会造成孩子退烧不理想的情况，要注意外界环境温度，室温过高的情况下，可以使用空调来帮助降低室内温度；

4、伴随症状：比如有咳嗽、鼻塞、流鼻涕等，可能提示有呼吸道感染。另外要注意泌尿道和消化道的炎症，必要时需要及时就诊。

总之，3个月以下的小婴儿发烧39℃，要及时就诊查明原因，积极给予治疗，防止出现严重的感染，如败血症或者是脑膜炎等。