慢性疲劳综合征可以挂针灸科、精神科、中医科以及神经内科等科室。对于中医科而言，只要确诊为是慢性疲劳综合征，在中医科可以通过中医的辨证施治。除外器质性的脏腑的损害之外，可以通过中医的中药内服、外用以及针刺，艾灸等方法进行调理，对于早期慢性疲劳综合征患者最为适宜。
有一些医院针灸科和中医科是分开的，也可以去挂针灸科。对于合并有焦虑、抑郁、心烦、易怒、容易有情绪的波动，甚至狂躁、精神症状时，建议患者挂精神科。精神科进行量表的评分，以及量表的检测之后，确定为合并有抑郁或者合并有焦虑的时候。可以适当的在早期的时候，运用西药的药物干预，同时配合中医针灸，还有艾灸的治疗，这样可能效果会更好。对于一些患者可能会有全身不适，可以建议去内分泌科或者是神经内科，除外因为神经功能紊乱，以及内分泌系统的失调所导致的器质性的疾病。
