癌胚抗原是临床上多种恶性肿瘤的肿瘤标志物，例如胃癌、乳腺恶性肿瘤、胰腺恶性肿瘤、肠道恶性肿瘤、食管恶性肿瘤、原发性肺脏恶性肿瘤等疾病，都可能会出现癌胚抗原这项指标的升高。
临床上一般不单纯检测这项指标，还需要结合其他的肿瘤指标，来综合地进行癌症病变的早期筛查，例如糖类抗原系列的检查、甲胎蛋白、前列腺癌抗原、鳞状细胞癌抗原等多种肿瘤标志物检查，与癌胚抗原检查一起作为辅助诊断癌症的一项重要肿瘤指标。
除了这些恶性肿瘤疾病可能会出现癌胚抗原增高外，还有一些非肿瘤疾病，同样可能会导致癌胚抗原指标异常。因此，临床上出现这项指标异常时，应该进一步完善检查，评估是哪种恶性肿瘤导致，或者是其他非肿瘤疾病导致，才能有效地采取治疗措施。
