治疗霉菌性阴道炎最有效的药物，为克霉唑类药物，如克霉唑阴道膨胀栓，还有凯妮汀(克霉唑阴道片)和制霉菌素，口服的药物有氟康唑。在经期、有霉菌性阴道炎的感染，以及没有性生活的女性用口服药物治疗。已婚、有性生活、阴道感染症状较严重女性，可以阴道局部上药。治疗霉菌性阴道炎的药物较有效，治疗针对性也较强，但是霉菌性阴道炎容易复发。
霉菌性阴道炎的用药是周期性治疗，发现霉菌性阴道炎复发时，用药1周左右就能治愈，但1个月后还要重复用药，不用查阴道炎、霉菌性阴道炎是否复发，不复发也要重复性给药，反复给3-6个月的药才能彻底治愈。
