口腔溃疡通常分为充血期、溃疡期、愈合期，患者溃疡刚刚充血、发红时，及时治疗，对溃疡愈合有较大的帮助。患者发现黏膜充血、发红，早期出现疼痛时，就及时涂抹促进溃疡愈合的药物，如曲安奈德口腔软膏、重组人表皮生长因子凝胶、西瓜霜喷剂，或者外用溃疡散等。在充血期时，患者涂上述的保护药物，溃疡形成会比较小，愈合速度也会比较快。较多关于促进溃疡愈合药物的研究，都会要求及时抹药，出现溃疡后即可抹药。
患者出现腺周口疮、重型的阿弗他溃疡，即使抹药，后期可能也会形成大的溃疡，最后需要采取局部的激素封闭，或者口服全身性药物，建议患者症状比较轻，刚出血、发红时就进行局部治疗。重型的阿弗他溃疡患者，有时也会长轻型的阿弗他溃疡，如果不是特别大的溃疡，建议采取局部促进溃疡愈合的药物治疗。
