临床并不推荐使用阿昔洛韦乳膏治疗丝状疣。阿昔洛韦主要针对的病毒类型是疱疹类病毒，比如单纯疱疹病毒或者是水痘-带状疱疹病毒，所以可以使用阿昔洛韦乳膏来治疗单纯疱疹性疾病，也可以用来治疗带状疱疹疾病，但是它不能针对人乳头状瘤病毒，目前并没有证据证明，阿昔洛韦乳膏或者阿昔洛韦这个药物对人乳头状瘤病毒有治疗效果。而丝状疣的病原体是人乳头状瘤病毒，使用阿昔洛韦并没有确切的治疗效果。
对丝状疣的治疗，现在还是以物理治疗为主，包括液氮冷冻、二氧化碳激光。液氮冷冻是用液氮低温的液体去冷冻疣体，导致疣体组织由于低温出现坏死，形成水疱、结痂，痂皮干涸之后就脱落了，脱落之后疣体就消退了。二氧化碳激光是采用高能量的二氧化碳激光，直接让疣体组织碳化和气化来消除疣体。
如果不方便到医院去采用物理治疗方式，还可以考虑使用外用的其他药物来治疗，对丝状疣有比较明确效果的药物有咪喹莫特和鬼臼毒素，整体效果不错，但是需要注意，外用药物只能用在疣体局部点涂，要避免抹在疣体周边正常的皮肤组织上，因为它可能会导致正常皮肤组织出现红肿、破溃。
