椎动脉夹层治疗主要通过介入进行治疗，在栓塞瘤腔的基础上，通过在椎动脉放置支架或密网支架，可以有效改变局部血流动力学，修复和重建血管使夹层闭塞。非优势侧椎动脉出现夹层，可以直接行血管孤立术，在夹层段填塞弹簧圈将夹层和载瘤动脉闭塞，但若患者无严重症状不建议使用。颅内段椎动脉夹层，甚至形成夹层动脉瘤，动脉瘤较大会引起脑干压迫症状，此时可以进行椎动脉孤立手术，即将椎动脉完全闭塞。

优势椎动脉孤立会引起脑干缺血，需要进行血管搭桥手术。由于椎动脉夹层特殊的病理特点，一般很难完全自愈。对于程度轻微的椎动脉夹层，夹层真腔血流压力可能逐渐变大，甚至完全终止假腔血流，夹层可以自愈，但概率较小。部分夹层通过药物治疗可以得到改善，主要是抗凝药物，如华法林等，大部分夹层需要通过介入治疗才能完全恢复血流，从而使夹层闭塞。