干扰素可以用于乙型病毒性肝炎和丙型病毒性肝炎的治疗。近两年由于丙肝小分子药物的上市，目前丙肝的治疗已经不再使用干扰素。所以现在干扰素主要是用于乙型病毒性肝炎的抗病毒治疗，可以有效地抑制和清除病毒，疗效持久，可以降低和防止肝硬化和肝癌的发生。而且一部分乙肝的患者可以通过长效干扰素的治疗，获得临床治愈，即乙肝表面抗原转阴，伴随或者不伴随表面抗体的出现。
干扰素治疗乙型病毒性肝炎的优点是疗程相对稳定，而且不会产生病毒的耐药。乙肝病毒e抗原和表面抗原血清转换率较高，应答较持久。在停药之后，不易出现病情的反弹，而且具有免疫调节和抗病毒的双重功效。其缺点就是需要皮下注射，价格相对较高，而且不良反应较多。而干扰素的禁忌证包括妊娠患者、精神病、酗酒、失代偿、肝硬化，以及甲状腺疾病患者等。
