如果女性先天性垂体囊肿导致垂体内分泌功能障碍，可能导致不孕症的发生。先天性的垂体腺样囊肿发生在垂体的Rathke氏囊，是先天性疾病，又叫拉克氏囊肿。大多数患者其实有先天性垂体囊肿，通常没有临床症状，只是偶尔在查体，进行影像学检查中发现。

但是有症状的患者，可能会出现头痛、视觉障碍以及垂体的内分泌功能障碍。而垂体是颅内重要的内分泌器官，可以分泌一系列的激素。对于调节人体的内分泌，包括性腺轴有较大的作用，如下丘脑-垂体-卵巢轴等。

垂体主要分泌促卵泡刺激素FSH，还有黄体生成素LH。两种激素作用于卵巢，帮助卵巢的排卵。此外垂体囊还可以分泌泌乳素，如果泌乳素过高，也可能影响垂体FSH和LH的分泌功能。

因此如果垂体囊肿导致垂体内分泌功能障碍，导致下丘脑-垂体-卵巢轴功能紊乱，可能影响排卵，导致不孕。建议进行外科的手术治疗，一般是神经外科通过微创经鼻孔内窥镜的手术治疗，属于微创手术，将囊肿切除即可。