深的牙周袋内，内壁的化脓性炎症向深部结缔组织扩展，而脓液无法排除，这时可以形成袋壁软组织内的脓肿。由于袋壁曲折，涉及到多个牙面的深层的牙周袋，脓性的渗出物不能顺利引流，特别是累及到根分叉区，洁治或者刮治时，动作粗暴，将牙结石碎片和细菌推入牙周袋深部组织或损伤牙龈组织，牙周袋的刮治术不彻底，导致牙周袋袋口紧缩，但牙周袋底部的炎症仍然存在，没有得到很好的引流。
牙髓治疗时，根管或髓室壁侧穿，牙根折裂等，有时也可以引起牙周脓肿，机体抵抗力下降，或者是有严重的全身疾病，如糖尿病，容易发生牙周脓肿。对多发性和复发性牙周脓肿的患者应注意排除糖尿病的可能性，独立较强的牙周致病微生物在牙周袋内定植增殖，可使感染加重或者是扩散。
