结肠镜的检查有一定痛苦，痛苦性的高低因人而异，个体差别非常大。结肠镜的检查要让患者口服泻药和大量水，将肠腔内洗干净，即将肠腔内的大便充分排出。肠镜经肛门进镜，逆行向上检查，一直到达盲肠或者回肠末段再推进，对结肠的各个肠段的黏膜进行仔细观察。
肠镜在检查的过程中，因为肠腔存在着弯曲以及成袢的情况，所以还会给肠腔注气，患者会出现腹痛、腹胀等症状，尤其在肠镜经过乙状结肠时，症状比较明显。对于没有经过腹部手术的患者，以及体型比较匀称的患者，行肠镜的检查痛苦性比较小。如果做过腹部手术，可能会造成肠粘连，在肠镜牵拉的过程中，患者就会出现疼痛。体形过度肥胖以及过瘦的患者，肠镜的痛苦性也比较大，如果无法忍受肠镜的痛苦，可以考虑行无痛肠镜检查。
