现在唇腭裂主张唇腭裂序列治疗，所以唇腭裂并不是一次性手术。一般来讲，从出生开始到治疗结束需要18年，有3次必须要做的手术，还有3次附加手术。第一次手术是唇裂修复术，一般在出生后3-6个月完成手术。第二次必须手术是腭裂修复手术，腭裂修复手术现在通用的时间是8-18个月，即在1岁左右完成腭裂修复手术。而牙槽突裂植骨一般在9-11岁完成，现在也有学者支持在7-9岁进行牙槽突裂植骨手术。
另外，还有3次附加手术，包括腭裂术后咽成型手术，只有发现腭裂一期手术没有实现最初的治疗目标，也就是患儿仍然不能够有正常的语音，而且由于咽闭合不全所导致。一般在4-5岁进行咽成型手术，如果鼻唇继发畸形需要二次手术，一般至少在一期手术之后半年实施。还有由于唇腭裂以及相关的外科治疗导致上颌骨发育不足，采用正颌外科手术进行治疗，一般在18岁以后实施。
