牙根尖周炎如果不进行治疗，通常不会自行消除，需要进行系统、有效的根管治疗才能好转。一般在根管治疗封药1周后，炎症可以逐渐得到控制，例如牙龈上的包可以逐渐消除或逐步变小。在治疗的过程中，还可以口服消炎药，根管封药，炎症控制或者基本控制以后，即可进行根管充填。
通常进行根管充填后，对于局部的结构即可进行修补，同时观察2周左右，如果没有异常，则可以做烤瓷牙将牙包住，一般牙龈的慢性症状，包括瘘管即可基本消除。如果无法消除，患者可能需要进行瘘管刮治。总体而言牙根尖周炎进行规范、系统的根管治疗，炎症控制一般不会太难，效果通常较好。
