飞秒激光的精确性非常高，副作用也非常低，是一个非常安全高效的治疗近视方式。但是只要是手术，都可能产生一些副作用。
飞秒激光治疗近视比较显著的问题是干眼，特别是半飞秒激光手术制作角膜瓣，又在瓣下组织进行切削，对神经的损伤比较大，干眼症状一定会加重或者是发生术后干眼。
此外飞秒激光手术之后，还很可能发生眩光、夜视力不良等，目前在临床上也是时有发生。飞秒激光术后还可能发生角膜瓣复位不良、瓣下感染等，尤以半飞秒激光非常典型。
此外术后的欠矫、过矫、术后视力回退等，也是飞秒治疗近视可能会产生的一个副作用。虽然有刚才提到的上述副作用发生的可能，但是发生几率应该都不高。从整体而言，飞秒治疗近视还是非常安全和高效。
