做肠镜一般没有后遗症，目前结肠镜检查技术较成熟。做完结肠镜一天内，患者会出现肚子咕噜咕噜响，但这种不适感通常会在一天后消失。极少数患者做结肠镜会出现并发症，如有腹部手术史、肠粘连患者，或存在腹腔感染、肿瘤导致肠道粘连较严重的患者，或患者为恶病质，因消耗性疾病导致蛋白较低，上述类型的患者做肠镜具有一定风险，可能会出现肠穿孔。
做肠镜时若发生肠穿孔，如果在早期及时发现，可在内镜下通过钛夹夹闭穿孔部位，一般可较好恢复。但需要注意应进行较长时间的禁食，待肠道功能完全恢复，炎症完全控制后才能进食。肠穿孔后易导致肠道粘连，会出现腹部不适等后遗症，如果不能及时发现肠穿孔，错过最佳手术的时机，便需要做开腹修补手术，这类患者未来有可能会出现肠道功能紊乱等表现。肠穿孔一般比较少见，绝大多数患者做肠镜相对安全，而且不会有任何后遗症。
