手足口病以5岁以下的儿童为主，人对引起手足口病的肠道病毒普遍易感，受感染后可以获得免疫力。各个年龄组均可以感染而发病，但成人大多已经通过隐性感染的方式获得相应的抗体。
因此手足口病的患者主要是学龄前儿童。婴幼儿和儿童普遍易感，以5岁以下儿童为主，尤其是以＜3岁的年龄组发病率最高，4岁以内占发病人数的85%-95%。
手足口病的主要传染源是手足口病的患儿和隐性感染者，密切接触是手足口病重要的传播方式。通过接触被病毒污染的手、毛巾、手绢、牙杯、玩具、食具、奶具以及床上用品、衣物等可引起感染。还可通过呼吸道飞沫传播，饮用或者是食入被病毒污染的水和食物也可以造成感染。
手足口病是由肠道病毒引起的传染病，引发手足口病的肠道病毒有20多种，其中柯萨奇病毒A16型和肠道病毒71型最为常见。
