检查卵巢囊肿的最佳时间是在月经干净后3-7天，因为这期间月经刚干净，阴道的分泌物相对比较少，盆腔也没有处于充血状态，所以此时检查最佳。建议如果是已婚的女性最好做阴道彩色超声检查，分辨率会更高。
通过阴道后穹窿更清楚地了解盆腔内的情况，包括囊肿的大小以及囊肿的性质等。如果是通过腹部B超，因为毕竟腹部皮下脂肪相对比较厚，会受到一定的干扰，所以没有阴超分辨率高。
并且建议对于卵巢囊肿如果是直径已经＞5cm的情况下，可以考虑做手术治疗，不然随着囊肿的增大有可能会出现囊肿蒂扭转。另外也有可能会导致囊肿出现压力增大而破裂造成急腹症，对身体伤害会比较大。
如果没有手术指征的情况下，可以每半年到医院做1次彩色超声检查以了解囊肿的大小。
