扁桃体切除术在临床属于常规手术，将扁桃体切除之后对身体及免疫系统没有太大的影响。因为扁桃体虽然是外周免疫器官，但在成年后，扁桃体的免疫功能在全身的免疫系统中只发挥很少的作用。故成年后切除扁桃体的主要影响为在切除的局部可能会产生少量瘢痕，而在瘢痕收缩之后，可能会出现咽部不适感，但可以逐渐减轻。

但在4岁以前，扁桃体除免疫功能外，还有抗原呈递的作用，可以将接触到的抗原呈递给中枢免疫系统，产生相应的抗体，从而建立和完善全身免疫系统，所以此时一般不进行扁桃体的切除术。