引起跑步膝盖疼痛的原因非常多，最常见的原因是跑步后诱发膝关节的滑膜炎，或者跑步后引起膝盖半月板损伤。此外，跑步后膝盖外侧疼痛通常提示膝关节外侧髂胫束摩擦，引起的疼痛叫作髂胫束摩擦综合征。

出现膝关节疼痛后，需要找膝关节疼痛的原因，首先进行膝关节核磁共振检查，通过核磁共振，了解膝关节关节腔是否存在积水，积水提示滑膜炎。

还需要了解膝关节是否存在半月板损伤，半月板损伤是一级、二级，还是三级。一级、二级损伤，通过休息加药物治疗，三级损伤，通常需要借助手术微创手术的方式进行干预。

此外，需要了解膝盖软骨是否出现磨损，膝盖髌骨是否出现软化，或者膝盖交叉韧带、侧副韧带是否出现问题，甚至膝盖后侧是否存在囊肿。

通过核磁共振，可以准确找到膝盖疼痛的原因，相应的原因找到后，才能针对原因给予相应治疗方案。膝关节积液，少量滑膜炎，建议膝关节休息，膝关节固定1-2周，口服非甾体消炎药。

半月板损伤Ⅰ度、Ⅱ度采取保守治疗、Ⅲ度采用手术。交叉韧带损伤，但没有发生断裂，只需适当休息，不需任何药物。膝关节的髌骨软化症，尽量减少下蹲次数，避免长时间跑步。膝关节的交叉韧带发生断裂，甚至需要通过手术的方式重建交叉韧带。

所以跑步后膝盖疼痛的原因很多，进行核磁共振检查后，找到相应病因，再给予相应的对症治疗，才能解决患者疼痛问题。