胎儿畸形筛查采用经腹部超声比较合适，胎儿畸形筛查通常建议在孕18-24周时检查，此时胎儿比较大。如果用经阴道超声检查，因阴道超声的频率比较高，所显示的组织比较浅，能够扫到的范围比较小，所以经阴道超声没有办法观察到整个胎儿的全部轮廓，故采用经腹部超声检查。

但是如果胎儿处于早孕期，早孕由于孕妇的腹壁比较厚或者孕妇憋尿的效果不好，可以采用经阴道超声检查，中晚孕时胎头比较低，也可以经阴道超声检查，能非常好的显示孕妇的宫颈内口，比较容易判断前置胎盘或者血管前置。总之，整个胎儿的基因筛查采用经腹部超声比较好，遇到有疑问或者在特殊的情况下，可以采用经阴道超声进行补充。