溃疡性结肠炎的患者如果5年控制不良，长期腹泻会导致胃肠功能下降，营养状态差则会引起体重减退、体力下降，影响患者生活质量。

大部分溃疡性结肠炎患者属于轻中型，如果长期维持缓解，预后较为理想。如果不能坚持服用药物，病情呈慢性化，反复发作状态时，急性爆发时伴有并发症的患者以及老年患者预后相对较差。慢性持续活动或反复频繁发作预后较差可能会引起直肠乙状结肠癌，多见于病变范围广，例如全结肠型或病程长的患者，结肠癌风险率比正常人要高，可以危及生命。结肠癌多发生于静止期，此时由于便血和腹泻认为属于炎症复发，因此明确诊断较晚，延迟诊断以后预后较差。

溃疡性结肠炎癌变对于病程8-10年以上的长期患者，病变范围较广泛或全结肠炎以及病程在30-40年以上，局限性左半结肠炎、直肠乙状结肠炎患者应当进行监测。结肠镜检查至少要每两年进行一次，应该进行多部位活检。当组织出现异常增生，例如不典型增生，患者需要更加密切的短期内随访，重度异型增生如果可以确诊，则应进行手术治疗。