除巧克力囊肿已知是子宫内膜异位引起，其他的右侧卵巢囊肿只能通过手术切除查看性质来源，出现右侧卵巢囊肿的原因目前不清楚，主要包括生理性囊肿和病理性囊肿，具体如下：
1、生理性囊肿：一般指滤泡囊肿、黄体囊肿，此2种囊肿是由于排卵后形成黄体造成，生理性囊肿会随着月经消失；
2、病理性囊肿：是增长的囊肿，由于基因问题或者其他问题出现右侧卵巢囊肿，目前的病因并不清楚，此种囊肿以上皮性最常见，还包括浆液性、黏液性囊肿，还有生殖细胞来源的囊肿，如囊性畸胎瘤或纤维泡沫细胞瘤等。
此外，比较常见的巧克力囊肿，即子宫内膜异位囊肿，所谓子宫内膜异位囊肿，称为巧克力囊肿是由于异位的子宫内膜在卵巢上，通过出血形成周围包裹，再经过吸收的过程，剩下的陈旧血极像巧克力色的黏稠液体。
