生理性卵巢囊肿是生理过程，激素调控正常，月经之后就会立即消失。月经干净之后3-5天查超声检测，若囊肿还存在，运用激素药物抑制卵巢囊肿的生长，3个月以后卵巢囊肿生长抑制，再复查已经消失，就是生理性的。但消失时间的长短不一定，而且关键是同病理性的要相鉴别。
女性的月经周期或者卵巢的生理周期，受到大脑里下丘脑-垂体-卵巢生殖轴来调节，生殖轴不管是下丘脑、垂体还是卵巢，任何一个部位、一个功能发生紊乱，月经周期或者囊肿都会有一定的发生，排卵也是如此。女性朋友月经周期也受生活的影响，经常熬夜规律肯定是要受到打乱，不管是心理上的还是生活上、身体上的压力，都会影响卵巢轴的正常调节。若卵巢轴没有正常调节或达到紊乱，不仅会出现生理性囊肿，而且月经失调也比较多。
