穿刺手术根据穿刺的不同脏器和不同部位，可以在局麻下进行，有时是需要在全麻下进行。最常见的比较表浅的器官穿刺，比如甲状腺穿刺和乳腺穿刺，在局麻下进行就可以。也不一定非要到手术室进行，一般在彩超室就可以进行。一般彩超医生为穿刺的外科医生做好局部病变的定位，定位后在体表做标记，然后普外科大夫对局部皮肤进行消毒，用酒精的擦拭铺单，然后开始进行穿刺。
甲状腺结节的穿刺一般用细针吸，细针指10mL注射器，针尖非常细，一般要穿刺出大概3-5条的组织，然后送病理进行化验就可以明确病变的性质。乳腺的穿刺也是在局麻下进行，局部的穿刺要用粗针进行穿刺，乳腺穿刺的粗针直径大概有3mm，中间有空心的套管，穿刺出3-5条的组织也是局部送到病理。此两种穿刺以后的伤口局部外贴创可贴就可以，不需要缝合，患者当日就可以回家。
