如果明确存在有子宫囊肿，要考虑进行手术治疗。但一般的囊肿长在卵巢部位居多，子宫的囊肿比较少见。
卵巢有生理性、病理性或巧克力囊肿，子宫囊肿少见，是因为子宫是一个实性的、肌性的结构，其病变是以肌瘤、腺肌症为主。因此肌瘤、腺肌症都是实性的，但部分情况会出现子宫囊肿，如子宫肌瘤囊性变。有时候肌瘤比较大，血运不能及时供应上，肌瘤中间缺乏血运，组织就会逐渐坏死被吸收，这个时候会形成囊肿，称为子宫囊肿。
子宫囊肿位于肌壁，往外凸或往黏膜凸，但往外凸的可能性更大，这时候称为子宫囊肿。如果存在有子宫囊肿，其属于子宫肌瘤变性，此时建议手术进行治疗。因为子宫肌瘤变性还存在有恶性肉瘤变的可能。因此，子宫肌瘤变性是一种手术指征，如果子宫有囊肿，也建议手术治疗。
