超声胃镜主要目的是看黏膜下深层次的东西，从而初步分辨出良、恶性。所以超声机器需要水或者液体作为媒介，这种情况能够将深部组织的影像，成像更清晰。
如果进行超声胃镜，也需要大量在胃内注水，如果在全麻下做超声胃镜，水多了以后因为全麻药本身给药而抑制呛咳反射，或者是吞咽反射。如果胃内的水超过一定限度，可能会在不知道情况下误入气管，产生气道梗阻，如果严重会造成通气障碍。
麻醉药本身对呼吸有抑制作用，加上液体反流到气管，会产生严重通气不足，甚至于脑缺氧、植物人的情况。所以一般不建议在全麻下来进行操作。但是随着观念的更新，采取特殊的体位、术中采取特殊有效的措施，可以减少术中的呼吸系统并发症的发生率。
对于不是特别复杂、时间不是特别长的超声胃镜，可以做到全麻下进行检查，会尽量减少病人的痛苦，同时会尽量规避严重并发症的发生。
