肝内多发性囊肿较常见，多数不需要处理，少部分较大囊肿出现临床症状时可通过外科微创手术处理。多发肝囊肿是指肝囊肿数量超过2个，属于单纯性肝囊肿，是肝脏退行性变或部分先天性因素导致肝实质内出现多个水泡样改变。一般不存在癌变风险，生长较为缓慢，常见于中老年人，随年龄增加会缓慢增大，多数不会引起明显临床症状，也不需要处理。
少数肝囊肿可能体积较大，如直径超过10cm时可能压迫周围内脏，此时建议通过微创腹腔镜手术进行肝囊肿开窗引流。通过去除部分囊壁后将囊肿内液体吸收，从而保证肝囊肿不会继续增大，囊肿产生的液体也可在腹腔内吸收，所以其为较大肝囊肿的首选治疗方法。对于不适合手术的年老体弱患者，可采取穿刺的方法治疗，但一般较易复发。
