多数青少年急性心肌炎可自愈，不论急性期轻型、普通型或是急性期重型、暴发性心肌炎，多数患者在度过急性期后均可自愈。仅有极少数心肌炎患者可能遗留部分后遗效应，如心脏电路出现传导阻滞、心脏扩大、纤维化等，也可能数年后或成年后出现心功能不全表现，表现为扩张型心肌病等，但此类情况仅为少数。
心肌炎发病机制是胃肠道或呼吸道病毒感染，或病毒直接侵犯心肌细胞，诱发机体异常免疫反应，导致自身免疫系统攻击心肌细胞。患者度过急性期后，心肌炎便不会反复或持续存在，类似病毒性感冒在未经治疗情况下，大致数日到1周左右时间便可自愈。因此，心肌炎患者也可在度过急性期后达到自愈效果。
