滴虫感染时，标准的治疗方案是采取口服的甲硝唑治疗。如果阴道分泌物较多、瘙痒较为严重，合并尿频、尿急等泌尿系感染症状时，在口服甲硝唑的同时，也应该给予阴道上药。在阴道上药之前，可以用清水洗净外阴，同时给予甲硝唑栓剂进行治疗，周期通常为1周。
因滴虫感染是性传播性疾病，所以需要夫妻双方或者性生活的伴侣，均进行检查和治疗。通常治疗1周以后停药3天，到门诊进行复查，医生采取悬滴法或者培养法观察，如果滴虫消失则为治愈。患者要进行定期复查，通常复查2-3个周期，如果滴虫均为阴性，即为感染治愈。在治疗期间不能有性生活，才能达到彻底治愈的目的。
