急性牙周脓肿治疗原则应以止痛、防止感染扩散及排脓引流为主。初期脓液尚未完全形成之前，可清洗牙周袋，局部冲洗上药，适当时可配合全身抗生素使用或支持疗法。

但在脓液形成且局限，出现波动感时，要根据脓肿部位及表面黏膜厚度，选择从牙龈或者牙周袋表面进行及时排脓引流，切开后应该彻底冲洗脓腔或在局麻下彻底进行龈下清创术。同时配合局部药物和全身抗生素，也可辅助使用激光、口服止痛药等，缩短愈合周期、减轻患者疼痛。

在急性脓肿消炎处理之后，还要进行进一步序列治疗，控制牙周炎、减轻脓肿发生几率。