肾结石囊肿是指肾结石和肾囊肿同时存在，肾结石比较小的时候，不是动态结石。也就是结石是固定的，没有引起感染、出血，或疼痛的情况，只需要动态观察。
如果结石比较大，也是固定的，最好做泌尿外科处理，择期手术即可。如果结石不管大小引起了感染、疼痛、出血，或者积血的情况，都需要积极进行肾脏内科，或者泌尿外科来处理，防止发生更加严重的并发症。
同时如果肾结石出现了囊肿，对囊肿也需要进行同时判断，囊肿有良性的、有恶性的。良性的囊肿只需要动态观察，当直径达到5cm的时候穿刺抽液即可。
如果囊肿有恶性存在可能，需要做肾脏CT，乃至强化CT来验证存在恶性病变的囊肿，需要外科进行处理。囊肿有单发性的囊肿、多发性的囊肿，以及多囊肾造成的囊肿。
多发性囊肿和单发性的囊肿处理方式是一样的，但是多囊肾造成囊肿的处理方式可能和普通的囊肿是不一样的，早期动态观察，晚期要防止破裂、出血，或者感染。
因为多囊肾晚期可能出现血压的升高以及肌酐的升高，这个时候处理就需要按照慢性肾脏病来进行处理。
