对软组织病变常见的检查方法是核磁共振检查。临床上每种检查器械、每种检查的工具所针对的目标和重点不同，比如常用的X光片，针对骨骼的检查比较敏感。除X光片外还有CT，主要是针对骨骼、内脏组织检查，尤其是骨骼组织的检查。
但是如果是对软组织进行检查，比如需要观察膝关节内有无囊肿、膝关节半月板有无损伤、膝关节韧带有无损伤，或者想明确大腿中有无肿瘤，大腿的血管、肌肉是否正常，又或者想明确囊肿的内容物，都属于软组织的检查，需要用核磁共振进行检查。
此外，有时患者可能会因为某些特殊原因导致无法做核磁共振，但又需要检查软组织，也可以借助CT进行粗略观察。同时也可以用B超对囊性病变进行简单检查，比如肾脏、肝脏的囊性病变，还有膀胱、输尿管、子宫、卵巢等。
