新生儿如果患有先天性巨结肠，应该尽早进行手术治疗，手术的最佳时间通常要根据新生儿的状态决定，一般分为以下几种情况：

1、直接择期手术：如果新生儿的体重比较大，＞3-4公斤，营养状态比较好，可以进行择期手术，选择根治性手术治疗；

2、进行紧急手术：有些新生儿的巨结肠伴有结肠炎或者肠道穿孔，这时一般状态较差，需要进行紧急手术。一般首先进行造瘘手术，等一般状态缓解后进行根治性手术治疗；

3、保守治疗后择期手术：有些新生儿前期进行保守治疗，进行灌肠或者辅助治疗缓解便秘的情况，可以等年龄、体重稍大，营养状态比较好的时候进行择期手术。

新生儿巨结肠的手术时间，主要取决于巨结肠的程度，以及是否存在并发症，自身营养状态，体重状态等。通常要带新生儿到外科专科医院就诊，由专科医生进行判断。