临床上没有小开窗髓核摘除危害，而是小开窗髓核摘除手术风险、并发症，常见手术风险、并发症包括开窗过程中损伤神经、脊髓，或者手术后存在腰椎间盘突出复发风险，手术过程中存在伤口感染相应常见手术后并发症。小开窗髓核摘除手术是一个微创手术，亦是对腰椎间盘突出初发者或者年轻患者一种较好选择。

随着现在手术技术提高有更新手术方案，通过不开窗方式进行髓核摘除，即椎间孔镜手术技术，通过经皮穿刺到达突出髓核部位。采用髓核在显微镜下或者在孔镜下，将突出髓核组织给予摘除，避免将椎板上骨性结构进行小的开窗，从而保留更完整的神经椎管保护通道，实现更加微创的手术方式，跟目前椎间孔镜技术一样属于微创手术中的一种，但相对微创手术里面的椎间孔技术对骨骼破坏更大。

与传统手术相比，这两个手术都属于一种微创手术的方式。小开窗髓核摘除手术，是针对年轻患者或者初次患者的腰椎间盘突出比较好的手术方式选择。