肺结核通过规律的全程治疗，遵医嘱停药后，治愈率可达90%，5年内复发率小于5%。但对于不规则服药、不按医嘱服用药量，或过早停药的患者，治愈率不到50%。不规则用药可导致细菌产生耐药性，导致病情加重甚至死亡，因为部分结核分枝杆菌在人体内处于休眠状态，任何药物都没有办法杀死它。如果机体抵抗力下降或再度感染外源性结核杆菌，均可导致结核病再次复发。
复发的情况主要见于患者进行不规则的治疗，再次感染强毒力结核菌，或其它特殊情况。临床治愈的患者，再次出现有咳嗽、咳痰大于2周，痰中带血、发烧、乏力、消瘦等症状时，应该警惕结核病复发，此时需及时复查胸片、CT和查痰。此外，对于一些没有症状的治愈患者，建议1-2年体检一次，包括胸片、CT。平时养成良好的生活习惯，注意休息、保证睡眠、保证营养、适当锻炼、提高抵抗力，这样可以减少肺结核的复发。