打完乙脑疫苗出现发烧39度，即39℃，要进行两部分的处理，一部分要进行降温处理，另一部分要明确发烧39℃是疫苗反应，还是其它疾病引起，再对症进行处理。具体如下：
1、降温：孩子出现发烧39℃是较高的温度，容易引发热性惊厥或者出现呼吸循环异常的反应，可能造成水电解质紊乱，所以在39℃的时候，给孩子进行降温处理，如温水擦拭身体或者多喝温热的水，都有物理降温的效果。
可以适当使用对乙酰氨基酚和布洛芬，根据孩子的年龄和状态使用不同的退热药物进行降温处理，一般孩子发烧会有所缓解；
2、对因治疗：以上方法只针对发烧进行处理，首先要明确引起发烧的病因，再对症处理，多数孩子打乙脑疫苗后的发烧反应不会超过38.5℃，有个别孩子可能出现一过性的39℃。如果一般状态较好，经过处理马上能恢复正常，也可能是乙脑疫苗的反应，不需要使用其它的抗炎药物就会缓解。
也有些孩子发烧39℃是在疫苗后出现的疾病状态，有可能在打疫苗前已经有潜在的疾病状态，打疫苗后孩子的免疫状态发生改变，造成孩子出现39℃的体温。这时要明确引起发烧的病因，针对病因进行积极治疗，缓解孩子发烧39℃的情况。
