硫酸软骨素的副作用即不良反应，根据剂型的不同有所不同。比如硫酸软骨素的滴眼液，说明书中的主要不良反应，就是偶有眼部的发痒、红肿等一系列的过敏反应。硫酸软骨素除有滴眼液的剂型，还有注射剂、口服片剂的剂型。注射用的硫酸软骨素及口服的硫酸软骨素片，主要的不良反应就是少数患者可有胸闷、恶心、少量的牙龈出血等。
硫酸软骨素从药理作用上属于降血脂药，还可以用于治疗神经痛以及神经性的偏头痛、关节痛、关节炎、肩胛骨关节痛等。对于使用链霉素后所引起的听觉障碍，以及各种噪音所引起的听觉困难等，也有一定的治疗作用，对于慢性肾炎、慢性肝炎、角膜炎、角膜溃疡的症状也有治疗作用。不同剂型相对临床的治疗效果、治疗的适应证不完全一样，用法、用量也不一样，需在医生的指导下进行合理用药。
