氨碘肽滴眼液的主要副作用，是眼部的过敏，包括过敏性结膜炎、角膜水肿、结膜充血等等。氨碘肽滴眼液是含有有机碘的一种生物制剂，含有多种氨基酸，包括甘氨酸、天冬氨酸、色氨酸等生物制剂。
氨基酸可能引起眼部的结膜、角膜等过敏，所以对蛋白质这些物质，可能引起过敏的组织反应，都可能在结膜、角膜上能够表现出来，形成结膜的充血、水肿，出现畏光、流泪等表现。此类情况主要是因为滴眼液的成分与眼部组织的过敏，引起的一些过敏性反应造成。
氨碘肽滴眼液主要是用于早期的白内障、玻璃体混浊等治疗。如果对上述成分过敏，需要避用、少用，或者不用氨碘肽滴眼液。
