做输尿管镜的碎石取石术会有一些疼痛不适，但由于在手术过程中应用的都是半麻或者是全麻，所以不会有特别痛苦的感觉。输尿管镜碎石取石术是治疗肾结石和输尿管结石的常用方法，输尿管镜可以分为硬镜和软镜两种，输尿管硬镜主要用于输尿管中段和下段结石的碎石和取石。

输尿管软镜主要适用于输尿管上段以及肾盂和肾盏结石的碎石和取石，手术采用的是经尿道逆行途径，体表没有切口，输尿管镜通过尿道和膀胱进入到输尿管或者肾盂，在直视下找到结石，然后导入碎石器械。一般采用的是钬激光或者是冲击波，通过碎石将结石粉碎成容易排出的细小碎石，较大的碎石可以通过尿道自行排出。

另外由于输尿管镜碎石术后，需要留置输尿管的支架管，在留置输尿管支架管的过程中，有些患者会出现尿频、尿急、尿痛、血尿甚至腰痛症状。在拔除输尿管支架管的过程中，一般需要通过膀胱镜进行操作，在做膀胱镜的时候也会出现疼痛、不适等症状。