尿道口疼，最常见的原因就是尿道炎。常见的尿道炎细菌大致是大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、变形杆菌，这些细菌沿着尿道外口进入尿道，造成尿路黏膜充血、肿胀，感觉神经外露，所以在排尿时会出现尿频、尿急、尿痛。
尿道炎以女性更为多见，因为女性的尿道外口毗邻阴道和肛门，而且女性的尿道短且直，长度仅4公分左右。男性尿道感染最常见的原因就是包皮过长、包皮炎，或者包茎所导致。
尿道口内部的黏膜上皮覆盖的这层皮肤和其他皮肤不一样，因为尿路黏膜是特殊的移行上皮，所以当尿道发炎时，尿道口尤其是内侧这层皮肤，也会跟着尿道一起发炎，就会出现尿道口的红、肿、疼痛。在治疗上，由于是细菌导致的疾病，所以选择喹诺酮类抗生素或者头孢类抗生素进行治疗。
