试管婴儿和自然妊娠一样，每次成功妊娠以后也有自然流产的风险，但是其流产风险要比自然妊娠低，因为胚胎都是经过形态学优选胚胎，甚至是第三代试管婴儿，都是做了遗传学评估的胚胎。这种流产的风险明显降低，普通一代、二代试管婴儿流产率一般在15%左右。

第三代试管婴儿又分为两种，一种是针对于夫妇双方有一方合并有染色体异常，比如罗氏易位携带者或者平衡易位携带者，这部分患者自然妊娠的流产率高达60%-70%甚至90%以上，但是做第三代试管婴儿，流产率可以降到20%以下。做三代试管婴儿的病人，其是因为复发性流产或者女方高育龄原因来做第三代试管婴儿，通过做胚胎遗传学检测也能显著降低自然流产的风险。