阿米巴痢疾采取灌肠制剂时，常建议左侧卧位。如果病变范围稍广，并累及左半结肠，患者可采取膝胸卧位，即臀部稍抬高，有助于药物从肛门向左半结肠分布，从而使药物发挥较大作用。对于老年人、高血压或脑血管病患者，膝胸卧位有风险，建议左侧卧位。灌肠时尽量保留较长时间，并尽量不排便，有助于灌肠药物发挥疗效。
阿米巴痢疾常由于阿米巴感染引起肠道损伤，出现腹痛、腹泻、果酱样大便，但并非以灌肠为主要临床治疗方法，应用药物如甲硝唑药物杀灭寄生虫，可有效帮助患者缓解症状。如果阿米巴肠炎是以直肠型为主，肠道黏膜充血、水肿较严重，可给予甲硝唑灌肠或保护肠黏膜的药物治疗，但应以口服药物为主，灌肠应用相对较少。
