如果能够排除生理期因素，女性跑步以后腰痛、腰酸，最常见于腰肌劳损或者腰椎间盘突出所引起的疼痛，具体如下：
1、生理期：很多女性患者在生理期会出现腰腿酸胀的情况，是一个特殊的生理现象，如果生理期过后疼痛缓解，则无需特殊处理；
2、腰肌劳损：如果女性在非生理期出现跑步以后腰腿疼腰酸的情况，通常见于腰肌劳损，其症状往往是躺着休息以后症状缓解，长时间久坐，久站以后症状加重，或者长时间跑步以后出现腰腿疼痛、腰酸；
3、腰椎间盘突出：也可以引起女性跑步以后腰疼、腰酸，早期的腰椎间盘突出并不会引起腿痛、腿麻，主要引起腰部的酸痛、胀痛，尤其在运动以后加重，而在休息以后能够得到逐渐缓解；
4、结石：当肾脏或者输尿管有结石或者小结石，也会在跑步以后出现腰背部酸痛。
当女性出现跑步以后腰痛、腰酸，需要进行腰椎核磁共振检查，必要时还要做肾脏B超，排除肾脏、输尿管结石等问题。
