萎缩性胃炎肠化生是指胃镜下标本中，可能肉眼看到有灰白色结节，或者用染色技术发现有结节，则考虑为肠上皮化生。肠上皮化生是指胃黏膜发生变化，不是原有胃底腺、幽门腺细胞，而是出现含有杯状细胞的肠上皮化生，即肠上皮细胞。根据整个活检标本内肠化细胞比例，分为轻、中、重度的肠上皮化生。

如果胃黏膜变成为典型的肠黏膜也可以称为肠上皮化生，如果既不像典型胃黏膜，也不像典型肠黏膜，称为异型增生。异型增生又分为轻、中、重度。轻、中度的异型增生属于低级别上皮内瘤变，重度异性增生和原位癌便只有一步之遥，二者可以结合称为高级别上皮内瘤变。萎缩性胃炎的观测除肠上皮化生外，还需观察腺体减少和炎症细胞的浸润程度，也可给出轻、中、重度的不同分级。